Abengoa is vooral bekend van de vele stankklachten die het in 2013 en 2014 in onder meer Maassluis veroorzaakte. De stank kwam voort uit het gistingsproces van de fabriek. Uit onderzoek door de politie en metingen van de DCMR is gebleken dat Abengoa meer geur uitstootte dan was toegestaan volgens de milieuvergunning.
De onderneming produceerde bio-ethanol vanaf een locatie aan de Merwedeweg in de Europoort, recht tegenover Maassluis. Het chemiebedrijf moest vorig jaar een boete betalen van 500.000 euro, voor het jarenlang overtreden van de milieuvergunning.